Musim kedua War of the Worlds melanjutkan kisah perjuangan manusia untuk bertahan hidup di dunia yang dikuasai oleh alien. Musim ini dimulai beberapa bulan setelah peristiwa di musim pertama. Alien telah berhasil membangun koloni di Bumi dan terus memburu manusia untuk diambil darahnya.

Di musim kedua, Emily dan Bill bekerja sama untuk menemukan cara untuk mengalahkan alien. Mereka menemukan bahwa alien memiliki kelemahan terhadap frekuensi suara tertentu. Mereka menggunakan informasi ini untuk mengembangkan senjata yang dapat membunuh alien.

Sementara itu, Catherine Durand bekerja sama dengan sekelompok pemberontak untuk melawan alien. Mereka berusaha untuk membebaskan manusia yang diperbudak oleh alien.

Musim kedua juga mengeksplorasi hubungan antara Emily dan Bill. Mereka berdua kehilangan orang yang dicintai dalam invasi alien dan mereka saling menemukan kenyamanan satu sama lain.